在运输过程中，应根据货物的种类、季节、距离和地点确定运输方式。 在冷冻样品空运过程中，尽量组织“门到门”直达运输，提高运输速度，保持温度符合规定。可折叠紧密以保持冷冻物品的冷藏温度。 水果、蔬菜等需要通风散热的货物之间需要保持一定的间隙，以保证货物的完好。
冷冻样品空运需要低温进行长途运输和短途配送。主要涉及铁路冷藏车、冷藏车、冷藏船、冷藏集装箱等低温运输车辆。 在冷冻样品空运过程中，温度波动是货物质量变差的主要原因之一。在保持规定的低温的同时，更重要的是保持温度稳定，尤其是长途运输。 冷链温度记录仪是一种可以自动记录温度数据的电子仪器。 一个类似飞机的黑匣子，可以自动跟踪和记录冷冻样品空运中集装箱、冷库的温度变化。
冷冻样品空运注意事项 ：
有些货物在冷冻样品空运过程中需要冷藏，所以冷藏过程中要注意货物的保存，尤其是出口冷藏。在出口冷藏(冷冻)货物时，大多数托运人更喜欢将集装箱预冷至设定温度。 这种做法实际上是不科学的，可能对货物和集装箱都产生负面影响，并不能保证集装箱冷藏(冷冻)运输的高质量。
原因是如果冷冻样品空运中的集装箱在装载前进行预冷，当集装箱门打开装载时，大量来自外部的高温高湿空气会进入集装箱并与低温汇合。潮湿和低温空气，导致容器内壁上凝结大量水滴。这些水滴不仅会滴在货物的外包装上，从而影响外包装的美观，还会影响集装箱制冷系统的运行，对冷冻样品空运货物的质量产生不利影响。
因为容器系统制冷系统中的冷凝水需要通过蒸发器排出，冷凝水在通过蒸发器盘管时结冰，导致制冷系统经历短暂的除霜过程。 另一方面，蒸发器还需要带走以下三部分热量：柜体安装时通过柜门直接进入柜体的热量; 热量通过柜壁渗入柜内; 生鲜物品代谢产生的热量。 可以想象，如果冷藏集装箱需要去除更多多余的热量和湿气，那么主要用于冷却货物本身的制冷量就会减少。
因此，在包装出口冷藏(冷冻)货物时，尽量不要对集装箱进行预冷。 当然，如果预冷集装箱的温度与冷库的温度相同，并且冷库和集装箱之间有保温通道，则集装箱可以在装载前进行预冷。
